Sinds de komst van Mega Mindy is het leven van de boeven op aarde een ware hel. Telkens wanneer de politie tekort schiet, verschijnt Mega Mindy en pakt zij de boeven alsnog op. Geen boef is nog veilig, dus is het tijd voor wraak! ‘s Werelds beste criminelen slaan de handen ineen om Mega Mindy voor eens en voor altijd uit te schakelen. Miss Volta, de eigenaresse van de energiecentrale, staat op als hun leidster en heeft een geniaal plan. Ze zullen de superheldin eerst uit haar tent lokken en dan verslaan met haar eigen wapens. Als Toby wordt ontvoerd en de Mega Mindy capsule verdwijnt moeten Mieke, Oma en Opa het geheim van Mega Mindy veilig zien te stellen.

Het geheim van Mega Mindy is gebaseerd op de televisiereeks die sinds mei 2007 door de TROS wordt uitgezonden.